RNA测序允许研究人员在一次实验中同时检测已知和新发的信息，包括转录本亚型、基因融合、单核苷酸变异、等位基因特异性基因表达以及目前通过先验知识尚不能明确的其他功能信息。
RNA-seq具有的优势包括：
• 宽泛的动态范围使基因表达检测更敏感更准确
• 不受先验知识所限--可以捕获已知和未知特征
• 用于任何物种，即便是没有参考序列的物种
• 提供更多的价值，相比于大量芯片重复，RNA测序的优势在于每个样本往往可以达到相当或更低的价格

1、mRNA测序
mRNA测序(mRNA-Seq)已迅速成为分析疾病状况、生物过程及广泛研究设计中的转录组的首选方法。mRNA-Seq不仅可提供极为准确且高灵敏度的量化基因表达，还可识别已知的和新的转录异构体、基因融合和其他特征及等位基因特异性表达。mRNA-Seq可提供编码转录组的完整视图，而并不受限于先验知识。
2、总RNA测序
利用TruSeq Stranded Total RNA试剂盒开展的总RNA测序（全转录组分析）可得到最完整的转录组图像，包括编码RNA和多种形式的非编码RNA。它可实现高度灵敏且准确的表达定量，以及鉴定转录组中已知的和新的特征。
Ribo-Zero试剂盒可高效去除高丰度的RNA种类，同时保留片段化和完整的转录本从而用于文库构建。总RNA测序在正常和低质量的FFPE样品中都能够实现最佳覆盖。
3、靶向RNA测序
测定您感兴趣的转录本或通路的表达。开展差异表达分析，测定等位基因特异性表达，检测基因融合。
4、小RNA测序
分离并测序多种小RNA，如microRNA，从而了解非编码RNA在基因沉默和基因表达的转录后调控中的作用。
5、核糖体分析
对核糖体保护的mRNA片段进行深度测序，从而获得在一个特定时间点的细胞内活跃的核糖体的完整视图，并可预测蛋白质丰度。
6、超低起始量和单细胞RNA测序
利用深度RNA测序来研究细胞在周围环境背景下的信号和行为。这种方法很适合以时间轴的方式来研究细胞功能（如分化、增殖和肿瘤发生）的生物学家。