甲基化测序
胞嘧啶甲基化可能明显改变基因的时空表达和染色质重塑。全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）利用新一代测序（NGS）和全基因组分析的力量，提供整个基因组甲基化模式的单碱基分辨率全面视图。
甲基化测序可发现整个基因组中所有CpG、CHH和CHG区域的甲基化模式，能以少量的DNA捕获全面的样品多样性，能查看大多数物种基因组中几乎每个胞嘧啶的甲基化。

甲基化芯片
DNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。借助MethylationEPIC BeadChip，研究人员可以基于单核苷酸分辨率定量检测基因组中的850,000多个甲基化位点，包括FFPE在内的多重样本可以并行分析，以便在每样本最低成本的情况下实现高通量功能。
依托业界领先的Infinium实验分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表观基因组关联研究(EWAS)的理想之选。它提供了由专家精选的全面的覆盖范围，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG岛，高覆盖度的增强子区域和其他内容类别。由于超过90%的Infinium HumanMethylation450K位点内容都涵盖在内，因此新一代MethylationEPIC试剂盒对这些位点也完全支持。

DNA与蛋白的相互作用分析
通过染色质免疫沉淀（ChIP）检测和测序技术相结合，ChIP测序（ChIP-Seq）成为鉴定转录因子及其他蛋白因子在全基因组范围内的DNA结合位点的强有力方法。在ChIP操作之后，通过特异抗体将DNA结合蛋白免疫沉淀。结合的DNA被同时沉淀、纯化并测序。
新一代测序（NGS）在ChIP上的应用已经揭示了一些在各种疾病和生物学通路（如发育和癌症发展）中发挥作用的基因调控事件的线索。ChIP-Seq能够在全基因组规模上实现对蛋白与核酸相互作用的全面检测。
ChIP-Seq可在任何生物体的整个基因组中捕获转录因子或组蛋白修饰的DNA靶点，确定转录因子的结合位点，结合RNA测序和甲基化分析，揭示基因调控网络，并可兼容不同起始量的DNA样品。